TargetScan数据库

TargetScan是一种利用共生mRNA和miRNA序列信息对共生基因进行高通量注释的工具。目前，TargetScan是miRNA靶标预测领域中最经常使用的工具之一。

该数据库从不同物种的多个数据源自动提取靶标预测数据，并将其与公认的miRNA共生的规则相结合，生成高质量、可靠的预测结果。该数据库关注的不仅是共生的核苷酸配对，还有miRNA和靶标的高度演化关系。从而，TargetScan预测结果的可靠性进一步提高。

数据库内容

目前，TargetScan包含7个物种（人、老鼠、小鼠、狗、牛、大鼠和线虫）的靶标预测结果，同时还有昆虫和其他生物的分析结果。根据具体物种，数据库中提供的miRNA和靶标序列来源也有所不同。

TargetScan有两个版本，一个是早期版本，另一个是目前最新版本。早期版本号码较大，加上许多次递增，方便追踪历史数据。New版本关注表达的动态调整， 计算预测和动态模型为计算平稳稳定性描绘了类别的动态性，以及关于它们的核酸序列的结构和后族。数据来源于UCSC基因浏览器、ENSEMBL、NCBI RefSeq、miRBase和TargetScan官方网站。

数据库使用

使用TargetScan数据库进行共生的预测，可以采取两种不同的方式。第一种方式是将目标基因序列上传到数据库中，然后使用预测工具。TargetScan基于miRNA和靶主序列之间的匹配对进行计算，给予每个匹配对不同的分数，并分别估算共震程度。分数越高意味着靶标在一定条件下的共震概率越大。

第二种方式是将miRNA序列或靶标基因ID输入到数据库进行搜索。这种情况下，TargetScan将返回所有含有特定miRNA或靶标的共生预测结果。

数据库结果解读

每个预测结果都会显示相关的靶标基因、miRNA序列和共生匹配的详细信息。预测结果可以在网页上查看，也可以在Excel中下载。

此外，其他有用信息也会显示在预测结果页面上，例如坐标、靶标基因长度、miRNA长度和预测分数等。这些信息可能有助于较准确地确定特定的共生作用。

案例说明

作为一种功能齐全的共生预测工具，TargetScan被广泛应用于许多领域，例如疾病研究、药物靶点发现以及基因表达调控等方面。下面介绍几个与TargetScan相关的案例：

1. 心血管疾病研究

心血管疾病是当前世界上最严重的健康问题之一。该疾病是综合性的疾病，涉及多种因素的交互作用，包括环境和遗传因素。许多研究表明，miRNA参与了心血管疾病的发生和发展过程。

一项研究中，研究人员使用TargetScan预测人类miRNA和靶标之间的共生。胆固醇代谢途径中的miRNA与心血管疾病的发生和发展密切相关。该研究使用TargetScan预测人类miRNA和靶标之间的共生，鉴定与胆固醇代谢有关的miRNA和靶标。结果显示，在胆固醇代谢途径中存在着大量的miRNA和靶标的共生。这些共生可能在心血管疾病的发生和发展中发挥了重要的作用。

2. 药物靶点发现

靶点是药物疗效的关键因素。在药物开发过程中，靶点选择和验证非常重要。然而，目前存在的靶点可以被药物选择的几率很小。快速和准确地预测miRNA与靶点之间的共生，成为一种新颖的药物靶点发现方法。

利用TargetScan预测miRNA和靶点之间的共生可用于药物靶点发现。例如，研究人员使用TargetScan预测人类乳腺癌靶点基因的miRNA共生，以识别可用于药物靶点的潜在mRNA靶点。结果显示，有许多miRNA与乳腺癌有关的靶点共生。这为药物开发提供了新的思路和方法。

3. 基因调控研究

miRNA在基因调控中发挥了重要作用。因此，基于TargetScan的miRNA-靶点共生模型有助于理解miRNA在基因调控中的生物学功能和机制。

一项研究利用TargetScan预测miRNA与在肾小球球状细胞中表达的靶点之间的共生。该研究结果表明，许多miRNA与肾小球球状细胞相关的靶点具有共生关系，这些miRNA可能在肾脏疾病的发生和发展中发挥着重要作用。这些结果有助于深入了解基因调节和肾脏疾病之间的关系。

结论

TargetScan是一个可靠的、高效的miRNA-靶点共生数据库和工具。它不仅可以用于共生预测和靶点注释，还可以为研究人员提供灵感和方法，帮助解决各种生物学问题。尽管目前仍存在许多需要改进和完善的地方，但TargetScan仍是miRNA靶点预测领域中最为常用的工具之一。 如果你喜欢我们三七知识分享网站的文章， 欢迎您分享或收藏知识分享网站文章 欢迎您到我们的网站逛逛喔！https://www.37seo.cn/